Los antecedentes de este museo los encontramos en la exposición que sobre la Semana santa Marinera de valencia de celebro en las Reales Atarazanas en el año 1997.

Si las Reales Atarazanas fueron un marco incomparable de aquella magna manifestación, otro edificio del marítimo seria elegido como futuro Museo, el viejo Molino de Arroz de la calle del Rosario. El compromiso del Ayuntamiento de Valencia fue determinante para que el sueño de muchos años se convirtiera en realidad. En el mes de septiembre de 2000, con motivo del XIII Encuentro Nacional de Cofradías Penitenciales, que tuvo como sede Valencia, el Museo de la Semana Santa Marinera de Valencia fue inaugurado.