El Museo parte como una pequeña sala de muestra de distintos elementos recolectados por los alumnos de la Escuela de Ciruelos, colección que va creciendo con la incorporación de los demás miembros de la comunidad.

Su crecimiento y la fama de la colección tan variada como novedosa, permite la postulación al Fondart del proyecto para construir un recinto con identidad que permita exhibir estas colecciones de objetos pertenecientes al mundo natural, al patrimonio local, al mundo indígena y a la persona del Cardenal Caro.